载工具，必须进行严格的消毒。畜禽及其产品运出县境时，运载工具消毒后不应由畜禽防检机构出具消毒证明。
(1)运输前的消毒 在装运畜禽或其产品前，首先对运载工具进行全面的清扫和洗刷，然后选用2%~5%漂白粉澄清液、2%~4%氢氧化钠溶液、4%福尔马林溶液、0.5%过氧乙酸、60毫克/升次氯酸钠、1：200的碘附或优氯净（抗毒威）、20%石灰乳等进行消毒，每平方米用量为0.5~1升。金属笼筐也可使用火焰喷灯来烧灼消毒。
(2)运输途中的消毒 使用火车、汽车、轮船、飞机等长途运送畜禽及其产品时，应经常保持运载工具内的清洁卫生，条件许可时，每天打扫1~2次，清扫的粪便、垃圾等集中在一角，到达规定地点后，将其卸下集中消毒处理。途中可在运载工具内撒布一些漂白粉或生石灰进行消毒。如运输途中发生疫病时，应立即停止运输，并与当地畜禽防检机构取得联系，妥善处理病畜禽，根据疫病的性质对运载工具进行彻底的消毒。发生一般传染病时，可选用2%~4%的氢氧化钠热溶液、3%~5%来苏儿溶液喷洒。清除的粪便、垫料等垃圾，集中堆积发酵处理；发生烈性传染病时，应先用消毒药液进行喷洒消毒，然后彻底清扫，清扫的粪便、垫料等垃圾堆积烧毁，清扫后的运载工具再选用10%漂白粉澄清液、4%福尔马林液、0.5%过氧乙酸、4%氢氧化钠溶液进行消毒，每平方米使用消毒液1升，消毒半小时后用70℃热水喷洗运载工具内外，然后再使用消毒液进行一次消毒。
(3)运输后的消毒 运输途中未发生疫病时，运输后先将运载工具进行清扫，然后可按运输前的消毒方法进行消毒，或用70℃的热水洗刷。运输途中发生过疫病的，运输后运载工具的消毒可参照前述方法进行。
运载工具消毒时，应注意根据不同的运载工具选用不同的消毒方法和消毒药液，同时应注意防止消毒药液玷污运载工具的仪表零件，以免腐蚀生锈，消毒后应用清水洗刷一次，然后用抹布仔细擦干净。