土壤中的病原微生物除了来自外界污染的以外，土壤中本身就存在着较长时期生活的病原微生物，如肉毒梭状芽孢杆菌等。土壤中的厌氧芽孢杆菌以芽孢形态存在于土壤中，在动物厌气性创伤感染中起着很大的作用。土壤中的病原微生物通过施肥、水源、饲料等途径而传染给畜禽，因此，土壤的消毒，特别是对被病原微生物污染的土壤进行消毒是十分必要的。
在消灭土壤中的病原微生物时，生物学和物理学因素起着重要的作用。疏松土壤，可增强土壤中微生物间的颉颃作用，使其充分接受阳光中紫外线的照射。另外，种植冬小麦、黑麦、葱蒜、三叶草、大黄等植物也可杀灭土壤中的病原微生物，使土壤净化。
在实际工作中，除利用上述自然净化作用外，也可运用化学消毒法进行土壤消毒，以迅速消灭土壤中的病原微生物。化学消毒时常用的消毒剂有漂白粉或5%~10%漂白粉澄清液、4%甲醛溶液、10%硫酸苯酚合剂溶液、2%~4%氢氧化钠热溶液等。消毒前应首先对土壤表面进行机械清扫，被清扫的表土、粪便、垃圾等集中深埋或生物热发酵或焚烧，然后用消毒液进行喷洒，每平方米用消毒液1000毫升。如果是芽孢杆菌污染的地面，在用消毒液喷洒后还应掘地翻土30厘米左右深，撒上干漂白粉并与土混合。漂白粉用量为每平方米5千克，然后加水湿润，原地压平。如为一般传染病，漂白粉用量为每平方米0.5~2.5千克。
4．畜禽场舍的消毒 畜禽场舍的消毒是保证畜禽健康和饲养管理人员安全的重要措施。畜禽场舍一般每半月或一月消毒一次。此外，在春秋季节或畜禽出栏后应对畜禽舍内外进行彻底的清扫、消毒。
畜禽场舍的消毒工作一般分两步进行。
(1)清扫或刷洗 机械清扫是搞好畜禽场舍环境卫生最基本的一种方法。清除了污物，大量的病原微生物也被同时清除。为了避免尘土及微生物飞扬，清扫时应先用水或消毒液喷洒，然后对畜禽舍进行清扫，清除粪便、垫料、剩余饲料、墙壁和顶棚上的蜘蛛网、尘土等。扫除的污物集中进行烧毁或生物热发酵。污物清除后，如日水泥地面的场舍，还应再用清水进行洗刷。
(2)消毒药喷洒或熏蒸 畜禽场舍清扫、洗刷干净后，即可用消毒药进行喷洒或熏蒸。喷洒消毒时，消毒液的用量一般是每平方米1升，泥土地面、运动场可适当增加（表7）。消毒时应按一定的顺序进行，一般从离门远处开始，以地面、墙壁、棚顶的顺序喷洒，最后再将地面喷洒一次。喷洒后应将畜禽舍门窗关闭2~3小时，然后打开门窗通风换气，再用清水冲洗饲槽、地面等，将残余的消毒剂清除干净。另外，在进行畜禽场舍消毒时，也应将场舍附近以及饲养用具等同时进行消毒。畜禽场舍消毒常用的消毒液有20%石灰乳、5%~20%漂白粉溶液、30%草木灰水、1%~4%氢氧化钠溶液、3%~5%来苏儿、4%福尔马林溶液等。
表7 畜禽场舍消毒液参考用量（升/米²）
　

应用福尔马林熏蒸消毒畜禽舍，按每立方米空间用福尔马林25毫升、水12。5毫升、高锰酸钾盐25克进行。消毒过程中应保持畜禽舍密闭，经12~24小时后打开门窗通风换气。当急需使用畜禽舍时，可用氨气来中和甲醛气体。消毒时应将畜禽舍内用具、饲槽、水槽、垫料等物品适当摆开，以利气体穿透。
此外，在畜禽饮料场及畜禽舍门口应设计消毒池（槽），里面盛放2%氢氧化钠溶液或5%来苏儿溶液和草包，以便人、车进出时进行鞋底和轮胎的消毒。消毒池的长度不小于轮胎的周长，宽度与门宽相同，池内消毒液应注意添换，使用时间最长不要超过1周。
5．畜禽体表消毒 是指畜禽入舍后至出舍前整个饲养期内，定期使用有效的消毒剂，对畜禽舍环境及畜禽体表进行喷雾，以杀死空中悬浮和附着在畜禽体表的病原菌。此法最初是20世纪60年代末期由日本人茶园明等人提出的“鸡体消毒法”的消毒方案。即从初生雏鸡开始，用消毒液（巴可马500倍稀释液）喷雾，在此之后至成年阶段，每天喷雾，进入成年鸡以后，每隔1~2天喷雾一次。
事实上，不管畜禽舍消毒得多么彻底，如果忽略了畜禽体表的消毒，也不可能防止以后病原体的侵入。因为大部分病原体是来自畜禽自身，如果不消毒畜禽体表，尽管在进雏、入栏前对畜禽舍进行彻底消毒，其效果也不过只能维持一两周时间。而且，只要有畜禽存在，畜禽舍的污染程度就会日益加重。实施畜禽体表消毒，可杀灭畜禽体表及舍内和空气中的细菌、病毒等，防止疾病的感染和传播；使畜禽体表和畜禽舍内氨气的发生和降低氨气浓度；在夏天还有防暑降温的作用。
畜禽体表喷雾消毒的关键是选用杀菌作用强而对畜禽无害的药物。目前日本主要使用巴可马（一种阳离子清洁剂），以500倍稀释后喷雾，每平方米用量为60~240毫升。我国试用于畜禽体表消毒的药物有0.1%新洁尔灭、0.2%~0.3%过氧乙酸、0.2%~0.3%次氯酸钠、0.2%二氯异氰尿酸钠（抗毒威）、150毫克/升百毒杀等，最好每3~4周更换一种消毒药。一般鸡、鸭10日龄以后，鹅8日龄以后即可实施带禽消毒，以后可根据具体情况而定。育雏期宜每周1次，发生疫情时可每天消毒1次。畜禽体表消毒的效果，受到消毒药剂、喷雾粒子的大小、喷雾的距离等的影响。据日本横关正直研究，喷雾粒子直径以80~100微米、喷雾距离1~2米为最好，喷雾时应使舍内温度比平时高3~4℃，冬季应应药液温度加热到室温。喷雾器械可选用上海60型喷雾装置，或上海产荷花牌喷枪，以3.039×10的5次方~5.065×10的5次方帕的动力进行喷雾，消毒液用量以地面、墙壁、天花板均匀湿润和畜禽体表微湿的程度为止、一般15毫升/米³左右。
体表喷雾消毒时，应注意以下问题：选择的消毒液应广谱高效，对畜禽无害，如吸入毒性小、刺激性小、皮肤吸收低，不影响毛质，不引起皮肤脱脂，在蛋、肉中不残留、不着臭、无异味、对笼具器材无腐蚀性等；应注意环境及消毒液的温度，必须与通风换气措施配合起来