水的消毒方法很多，概括起来可分为两大类。一类是物理消毒法，如煮沸消毒、紫外线消毒、超声波消毒、磁场消毒、电子消毒等。通常使用的消毒方法为煮沸消毒。另一类是化学消毒法，主要有氯消毒法、碘消毒法、溴消毒法、臭氧消毒法、二氧化化氯消毒法等等。其中以氯消毒法使用最为广泛，且安全、经济、便利、效果可靠。
(1)水的预处理 对于混浊的原水，消毒前应经过预处理。预处理的方法有滤过和沉淀两种。
①滤过 根据滤过池的砂粒的粒径和沙层的厚薄以及滤过速度又有缓速滤法和急速过滤法之分。缓速过滤法其滤池砂层较厚，达110~165厘米。上层为粒径0.3~0.5毫米的细砂，一般厚60~90厘米。原水以每日3~5米的速度通过。急速过滤法其滤池砂层较缓速法薄，厚度80~130厘米，最上层的砂粒也较粗，粒径0.5~0.8毫米，厚度达55~70厘米，原水以每日120~180米的速度通过。过滤池过滤后，可除去原水中大部分固形成分和部分细菌。
②沉淀 沉淀法有普通沉淀和药物沉淀两种。普通沉淀即原水在每分钟30厘米以下的流速或静止状态下8~12小时，能滞留原水中的浮游物质自然沉降。通常浊度能下降60%，细菌数减少80%。药物沉淀即应用凝集剂的胶状沉淀吸附水中微细物质沉降下来，从而得到比较清洁的水。常用的药物是明矾或硫酸铝。明矾或硫酸铝本身本身无杀菌能力，但进入水中后与水中的碳酸盐作用后水解出氢氧化铝的胶状沉淀，胶状沉淀吸附水中的悬浮物质及细菌，同时沉降下来。
(2)煮沸消毒法 煮沸消毒是一种最简便且效果确实可靠的一种饮水消毒方法。当水温达到70℃时，即可杀死多种致病菌繁殖体。一般水煮沸后再煮5~10分钟即可达到消毒的目的。细菌芽孢抗煮沸的能力较强，有的需要煮沸15分钟，有的需要数小时。如炭疽杆菌芽孢，经煮沸15~20分钟即可死亡。破伤风杆菌芽孢煮沸1小时、肉毒梭菌芽孢煮沸5小时才能杀死。此外，煮沸消毒法还可以破坏细菌产生的毒素。如肉毒杆菌素经煮沸4~20分钟即可完全破坏。煮沸消毒只要温度和时间合适，就可达到消毒目的。这种方法在畜禽饮用水消毒中使用不多。
(3)化学消毒法
①氯消毒 这种方法是世界上广为使用的一种方法，已有近百年历史。常用的氯制剂可分为液态氯、无机氯制剂和有机氯制剂三种，以无机氯制剂中的漂白粉、漂白粉精最为常用。
漂白粉的有效氯一般在25%~32%，消毒饮用水时，一般加氯量为每升水1~3毫克，最多不超过5毫克。加氯后经过一定的消毒时间（常温15分钟，低温30分钟），每升水中维持总余氯量在0.5~1.0毫克。加氯量的多少，主要取决于水质。水质差时，每升水的加氯量也可大于3毫克，但不超过5毫克。不同水源不消毒的加氯量参考表5。有条件时，最好先测定水的耗氯量再决定加氯量。
表5 不同水源水消毒的加氯量
　

*漂白粉按含有效氯25%计算
漂白粉需要量（毫克）=加氯量（毫克/升）/漂白粉含有效氯百分数×水量（升）
如果使用配好的漂白粉液，可按下式计算溶液用量：
漂白粉液用量（毫升）=加氯量（毫克/升）×水量（升）/漂白粉含有效氯百分数×漂白粉浓度（毫克/升）
实际消毒工作中常用的消毒方法有：普通消毒法，即每天向水源内投加漂白粉（或漂白粉精）溶液。消毒前，应先算出水源水量。根据水量和加氯量（或需氯量）计算出每次消毒所需的漂白粉用量；因普通消毒法余氯不能保持很长时间、工作量大，可采用持续消毒法来延长消毒时间。具体方法是选用竹筒、塑料袋、陶瓷罐或小口瓶等容器，现在也有一种塑料瓶式的持续加氯容器，其瓶盖为密封球型。可浮于水面，瓶体上部有可调节小孔，消毒剂装入后可根据消毒用量调节孔的开闭，使用方便。使装漂白粉容器浸于水面下40厘米左右，借助取水时振荡，使容器中的氯液不断渗出与水接触，达到连续消毒的效果。一般7天左右取出容器检查和调换药物，并经常测定水中的余氯；在出现特殊情况时，如水源被污染或新开辟水源，可采用过量氯化消毒法，通常按常量加氯量的10倍（即10~20毫克/升）进行。
投入漂白粉时，注意不要把干粉直接投入水中，以免漂白粉大部分浮在水面上不溶于水，而降低消毒效果。如果用漂白粉液，其放置时间也不可过长，以免药效损失。
②碘消毒 碘消毒作用比较迅速，受水的理化性质影响较小。但无机碘难溶于水、不便贮存和携带，而有机碘价格昂贵，因此，碘消毒主要用于紧急情况下的饮水消毒。
消毒时常将碘配制成2.5%或2%的碘溶液，直接加入水中，一般每升水中加入2.5%碘液0.4毫升（每升水中含碘10毫克），作用10分钟即可饮用。
3．土壤的消毒 在自然界中，土壤是微生物的主要存在场所，1克表层泥土中可含微生物 个。土壤中的微生物数量、类群，随着土层深度、有机物含量、温度、湿度、pH、土壤种类不同而有所不同，一般以10~20厘米的浅层土壤中的微生物最多。土壤中的微生物种类有细菌、放线菌、真菌等，其中细菌含量较多。
病原微生物常随着病人及患病畜禽的排泄物、分泌物、尸体和污水、垃圾等污物进入土壤污染，不同种类的病原微生物在土壤中生存的时间有很大的差别，如表6。一般无芽孢的病原微生物生存时间较短，几小时到几个月不等，而有芽孢的病原微生物生存时间较长，如炭疽杆菌芽孢在土壤中存活可达十几年以上。
表6 几种病原微生物在土壤中生存时间