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 生物消毒是利用动物、植物、微生物及其代谢产物杀灭或去除外环境中的病原微生物。主要用于水、土壤和生物体表面消毒生物处理。目前，可用作消毒的生物有以下几种：
1．抗菌生物 植物为了保护自身免受外界的侵袭，特别是微生物的侵袭，产生了抗菌物质。并且随着植物的进化，这些抗菌物质就愈来愈局限在植物的个别器官或器官的个别部位。能抵制或杀灭微生物的植物叫抗菌植物药。目前实验已证实具有抗菌作用的植物有130多种，抗真菌的有50多种，抗病毒的有20多种。有的既有抗菌作用，又有抗真菌和抗病毒作用。中草药消毒剂大多是采用多种中草药提取物，主要用于空气消毒、皮肤黏膜消毒等。
2．细菌 当前用于消毒的细菌主要是噬菌蛭弧菌。它可裂解多种细菌，如霍乱弧菌、大肠杆菌沙门氏菌等，用于水的消毒处理。此外，梭状芽孢菌、类杆菌属中某些细菌，可用于污水、污泥的净化处理。
3．噬菌体和质粒 一些广谱噬菌体，可裂解多种细菌，但一种噬菌体只能感染一个种属的细菌，对大多数细菌不具有专业性吸附能力，这使噬菌体在消毒方面的应用受到很大限制。细菌质粒中有一类能产生细菌素，细菌素是一类具有杀菌作用的蛋白质，大多为单纯蛋白，有些含有蛋白质和碳水化合物，对微生物有杀灭作用。
4．微生物代谢等产物 一些真菌和细菌的代谢产物如毒素，具有抗菌或抗病毒作用，亦可用作消毒或防腐。
5．生物酶 生物酶来源于动植物组织提取物或其分泌物、微生物体自溶物及其代谢产物中的酶活性物质。生物酶在消毒中的应用研究源于20世纪70年代，我国在这方面的研究走在世界前列。20世纪80年代起，复旦大学生命科学院就研制出用溶葡萄菌酶来消毒杀菌技术。90年代，中国高科集团上海高科生物公司从复旦大学独家受让这一技术，并经过10应用开发，先后解决了酶的稳定性、提高纯度和降低成本等工艺难题，开拓了生物酶用于日常消毒领域的广阔前景。这种用复合酶来消毒杀菌的生物消毒技术，已在上海实现了产为化。近年来，对酶的杀菌应用取得了突破，可用于杀菌的酶主要有：细菌胞壁溶解酶、酵母胞壁溶解酶、霉菌胞壁溶解酶、溶葡萄菌酶等，可用来消毒污染物品。此外，出现了溶菌酶、化学修饰溶菌酶及人工合成肽抗菌剂。