根据近年来对微生物抗力的研究，微生物对化学因子抗力的排序依次为：感染性蛋白因子（牛海绵状脑病病原体）、细菌芽孢（炭疽杆菌、梭状芽孢杆菌、枯草杆菌等芽孢）、分枝杆菌（结核杆菌）、革兰氏阴性菌（大肠杆菌、沙门氏菌等）、真菌（念珠菌、曲霉菌等）、无囊膜病毒（亲水病毒）或小型病毒（口蹄疫病毒、猪水疱病病毒、传染性法氏囊病毒、小鹅瘟病毒、腺病毒等）、革兰氏阳性菌繁殖体（金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌等）、囊膜病毒（亲脂病毒、憎水病毒）或中型病毒（猪瘟病毒、新城疫病毒、禽流感病毒等）。其中，抗力最强的不再是细菌芽孢，而是最小的感染性蛋白因子（朊粒）。因此，在选择消毒剂时，应根据这些新的排序加以考虑。
目前所知，对感染性蛋白因子（朊粒）的灭活只有3种方法效果较好：一是长时间的压力蒸汽处理，132℃（下排气），30分钟或134~138℃（预真空），18分钟；二是浸泡于1摩尔/升氢氧化钠溶液作用15分钟，或含8.25%有效氯的次氯酸钠溶液作用30分钟；三是先浸泡于1摩尔/升氢氧化钠溶液内作用1小时后以121℃压力蒸汽，处理60分钟。杀芽孢类消毒剂目前公认的主要有戊二醛、甲醛、环氧乙烷及氯制剂和碘伏等。本分类制剂、阳离子表面活性剂、季铵盐类等消毒剂对畜禽常见囊膜病毒有很好的消毒效果，但其对无囊膜病毒的效果就很差；无囊膜病毒必须用碱类、过氧化物类、醛类、氯制剂和碘伏类等高效消毒剂才能确保有效杀灭。
消毒对象的病原微生物污染数量越多，则消毒越困难。因此，对严重污染物品或高危区域，如产仔房、配种室、孵化室及伤口等破损处应加强消毒，加大消毒剂的用量，延长消毒剂作用时间，并适当增加消毒次数，这样才能达到良好的消毒效果。