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加深对消毒机理的了解不仅可以指导日常消毒工作的正确实话，提高消毒效果，而且也可为新消毒剂的合成和旧消毒剂的改造提供可靠的理论依据。消毒剂的种类较多，其作用机理也不完全相同，但大致可归纳为以下几方面。
1．改变病原微生物细胞膜的通透性 表面活性剂、酚类及醇类可导致胞浆膜结构紊乱并干扰其正常功能。使小分子代谢物质溢出胞外，影响细胞传递活性和能量代谢，甚至引起细胞破裂。
2．干扰、破坏病原微生物的酶系统 许多消毒剂能破坏微生物的酶系统，从而影响微生物的代谢，发生抑菌和杀菌作用。如某些氧化剂和重金属盐类能与细菌的巯基合并使之失去活性。
3．使病原微生物的蛋白质凝固、变性 酸、碱和醇类等有机溶剂可改变蛋白构型而扰乱多肽链的折叠方式，造成蛋白发生不可逆的变性、凝固，导致结构蛋白和功能蛋白都遭受严重破坏，如乙醇、大多数重金属盐、氧化剂、醛类、染料和酸碱等。
实际上不同的消毒剂还有一些特殊的、微观的作用机制。有许多消毒剂是一种作用机制为主，并兼有其他作用特别是复方配制的消毒剂具有多种协同、增效的杀菌作用。