消毒不仅是兽医卫生工作中的一项重要措施，也是预防兽医学的主要内容之一。实施兽医消毒具有以下几个方面的作用：
1．预防动物传染病的发生和传播 在动物传染病的防制上，消毒的作用环节主要是传播途径。不同的传染病其传播途径不尽相同，消毒工作的重点也就不同。经消化道传播的疾病，应重点做好环境卫生，加强饲料、饮水及饲养用具等的消毒；经呼吸道传播的疾病，应注意对污染的畜禽舍内空气和物体表面的消毒；一些接触性传染病，应通过动物皮肤、黏膜和有关工具的消毒来预防。
2．控制动物病原体感染和发病 目前已知的动物传染病有300种左右，尚有相当一部分由病原微生物本身或其毒素引起的疾病未包括在传染病之内，如外科感染、肿瘤、泌尿系统感染，由细菌或病毒引起的变态反应性疾病等。这些疾病虽然没有明确的传染来源，但其病原因子都来自于外环境、动物自身全表或浅表腔道。因此，为了预防这类感染和疾病的发生，对外环境、动物体表及腔道、畜牧生产和兽医诊疗的各个环节采取经常性的预防消毒和防腐措施，显然是非常必要的。当这些讲病发生时，对患病动物排出的病原体更应及时彻底地进消毒。
3．保护畜牧业经济的发展 动物传染病是危害动物生产最重要的一类疾病，它不仅可能造成大批动物和产品的损失，造成巨大的直接经济损失，而且会使生产性能严重下降（如产蛋量、产乳量、膘情、产仔数、皮毛及役用力等）；影响外贸出口（如口蹄疫、禽流感）；消耗大量的用于防治、检疫、封锁等工作的人力、物力及财力。因此，做好消毒工作采取综合防制措施，预防和控制各种动物传染病，对减少因传染病的发生和流行所造成的经济损失，保护畜牧业生产的发展，提高畜牧业经济效益有着极其重要的作用。
4．保障人民身体健康 动物传染病不仅给畜牧业经济带来巨大的经济损失，一些人兽共患传染病还给人民健康带来严重威胁。因此，兽医消毒在医学和公共卫生学上也更具有十分重要的意义。