根据消毒的目的不同，可将消毒分为预防性消毒和疫源地消毒两类。
1．预防性消毒 是指在没有明确的传染源存在时对可能受到病原微生物污染的场所和物品进行的消毒。如平时结合饲养管理对畜禽舍、运动场、用具和饮水进行消毒，以达到预防传染病的目的。此外，畜牧生产和兽医诊疗中对种蛋、孵化室、诊疗室器械等进行的消毒亦属于预防性消毒。
2．疫源地消毒 当发生动物传染病时，对疫源地内污染物的消毒称为疫源地消毒。如对发生动物传染病的畜禽舍、病畜禽停留的场所、各种分泌物和排泄物、剩余饲料及饮水、管理用具等进行的消毒。疫源地消毒又可分为随时消毒（临时消毒、控制消毒）和终末消毒两种。
(1)随时消毒 指动物已经发病或面临烈性传染病的威胁时实施的消毒，又称为临时消毒或控制消毒。临时消毒应根据传染病的种类及消毒对象选择合适的消毒方法和消毒剂，尽早进行。
(2)终末消毒 指在患病动物解除隔离、痊愈或死亡后，或者在疫区解除封锁前，为了彻底地消灭传染病的病原体而对疫源地进行的最后一次消毒。终末消毒通常只进行一次，不仅对患病动物周围的一切物品、畜禽舍等进行消毒，有时对痊愈的畜禽体表也要进行消毒。对由条件性致病菌和在外界环境中存活力不强的微生物引起的疾病可以不进行终末消毒。